失意的桓玄受到司马道子的恐吓后，选择了隐忍，后来被封为广州刺史，远离朝廷，暗中发展。

孙恩、卢循起义之前，隆安元年（397年），不满司马道子父子擅权的东晋大臣王恭带头起兵，反对这对奇葩父子弄权。王恭出自太原王氏，也是晋安帝的舅舅，他出镇京口，起兵用的是北府兵。

这是门阀士族再次利用地方军来威胁东晋政府。王恭起兵让东晋皇室感到中央军的孱弱以及地方军的强大，这才有了那道引发孙恩、卢循起义的糊涂政令。

纨绔子弟司马元显虽然治国理政一塌糊涂，但善于用计谋，在王恭第二次向建康进军时，元显察觉到北府兵将士并不信服王恭，于是派人劝降北府兵的先锋大将刘牢之，告诉他，只要愿意倒向朝廷，事成之后就把王恭南兖州刺史的位子交给他。

于是，刘牢之临阵倒戈，背叛了王恭。王恭兵败而死后，北府兵的指挥权落到了刘牢之手中。刘牢之是一员猛将，军事才能一流，政治意识却有点儿欠费，这也将成为其致命弱点。

王恭的战败，引发了东晋地方势力动荡的连锁反应。

桓玄之父桓温在世时，荆州是谯国桓氏的根基所在。桓温死后，其弟桓冲也曾主政经营。当桓冲退休时，地方的文武官员都来相送。

桓冲对一旁的桓玄说：“这些都是你家的门生故吏呀。”

年少的桓玄当即掩面哭泣，让在场的所有人感到诧异。

或许，桓冲的话可以有两种解释。一是桓氏没落，旧官属虽多，却挽不回朝堂上的颓势；二是桓氏门生故吏遍天下，卷土重来还未可知。

在以雄豪自处的桓玄眼中，叔父的意思是后者。带领桓氏夺回大权的理想，像一颗种子深深埋在他的心里。

王恭失败后，桓玄被封为江州刺史，在上游与雍州刺史杨佺期、荆州刺史殷仲堪成鼎足之势。

下游的孙恩、卢循起义爆发时，荆襄一带也不太平。这年，荆州发大水，殷仲堪开粮仓赈济灾民，桓玄借机发兵偷袭，攻占了粮食丰足的巴陵（今湖南岳阳），断绝了殷仲堪的粮道，随后找了个理由，带兵进攻殷仲堪所在的江陵（今湖北荆州）。

殷仲堪从江陵向杨佺期发出求救，杨佺期认为江陵缺粮，难以御敌，要殷仲堪一同到襄阳去。在政治斗争中，人性的自私往往占了上风，殷仲堪担心自己丢失地盘，就骗杨佺期说他已收集了大量粮食。

杨佺期信以为真，带兵来救，结果被桓玄分兵夹击，被俘后身首异处。殷仲堪得知杨兵败后，想要率数百人逃走，北上投奔后秦的姚兴，半路上被追兵擒获，逼令自杀。

至此，桓玄相继消灭杨佺期、殷仲堪等地方势力，夺取了桓氏旧根据地荆州，都督荆、江八州军事，占据东晋三分之二的版图。

当东晋朝廷为孙恩、卢循起义焦头烂额时，桓玄顺流而下，兵临建康，终结了司马道子父子的执政。

不过，桓玄此时还没有意识到，他的对手另有其人。