孙恩跳海而死的次年，桓玄入主建康，废黜晋安帝，自己当了皇帝，他建立的短命政权，史称“桓楚”。

桓玄即位那一天，王谧以司徒兼太保的身份，代表门阀士族，为其奉玺绶。

王谧就是前面说到的，曾经对刘裕施以援手的琅邪王氏成员。建康的门阀士族高官手中没有兵权，抵挡不了桓玄的权势，只能战战兢兢地拜倒在新君脚下。

“王与马，共天下”的格局被打破，桓玄篡位要建立的，不是新的门阀政治，而是新王朝的帝业。

天下人都希望他能改变司马道子父子的弊政，还江左一片安宁，桓玄却交出了一份糟糕的答卷。

史载，在短暂的皇帝生涯中，权力极度膨胀的桓玄奢侈放纵，大兴土木，急着修建新的宫殿，从士族地主手中收罗各种奇珍异宝，玩物丧志；在政治上，他对法令吹毛求疵，为了显示自己的才能肆意处置官员、功臣，连个错别字都要亲自修改，甚至提出了废钱用谷、恢复肉刑等不切实际的改革措施。

桓玄和魏晋时期的很多门阀士族出身的公子哥一样，才华横溢，文化方面颇有造诣，在名士圈玩得很开，但这种属性放在一个开国皇帝身上就很不合适。

故此，余嘉锡先生评价道，桓玄是一个像隋炀帝杨广、宋徽宗赵佶一样的人物，那两个哥们都是帝王家儿，还把自己家败光了，而桓玄“欲为开国之太祖，为可笑耳”。

桓楚建立后，江左一带并没有从饥荒的灾难中摆脱，“百姓疲苦，朝野劳瘁，怨怒思乱者十室八九焉”，很多富人穿着绸缎，怀藏金玉，活活饿死，穷人就更不必说。

于是，推翻桓楚的历史使命，也落在了北府兵肩上。

实际上，早在桓玄进军建康时，北府兵就有过阻击桓玄的机会。

元兴元年（402年），桓玄上奏司马道子父子之罪，从江陵发兵东下，攻打建康，并派人劝说北府兵的刘牢之与其合作。

刘牢之平时也跟司马道子父子俩不对付，虽然被朝廷任命为先锋对抗桓玄，但他担心自己打败桓玄后，功高震主，更不被司马氏所容（“又恐己功名愈盛”）。

当桓玄派人来劝告时，刘牢之不假思索地同意合作。刘裕与刘牢之的外甥何无忌都劝刘牢之不要被桓玄利用，刘牢之却不听，还是投降了桓玄。

桓玄集合八州兵力，又有北府兵相助，建康毫无抵抗之力，迅速被攻陷。

之后，桓玄为绝后患，夺取刘牢之兵权，改任其为会稽內史。刘牢之才知道大事不妙，说：“这么快就要夺我的兵权，我的大祸就要来临了。”

刘牢之那时才想起兵反抗桓玄，要拉刘裕一起去。刘裕却拒绝了老上司，说：“将军之前拥兵数万，听到风声就投降桓玄，现在他威名震动天下，朝廷内外都是他的人，你还能到哪里去呢？我要脱去军装，回京口老家去了。”

何无忌是刘裕的好友，他见舅舅刘牢之不靠谱，就问刘裕：“你说我该怎么办？”

刘裕说，在我看来，刘牢之一定难逃一死，你随我回京口，如果桓玄遵守礼节，我们就一起服从他，否则的话，我们就想办法对付他。不久后，刘牢之果然起兵失败，被迫自缢而死，之后被开棺戮尸，暴尸于市。

刘牢之被杀后，北府兵群龙无首，手握荆州集团的桓玄才能肆无忌惮地篡夺皇位。